Marjoniemen Pappilan juuret ulottuvat aina 1800 luvun alkuun, jolloin Talollinen Matti Juhonpoika Pirkkala luovutti vuonna 1816 perintötilansa korvausta vastaan Minkilä -nimiselle rukoushuonekunnalle. Tällöin saarnamiehelle tarvittiin asunto, ja ensimmäinen pappila rakennettiin 1817. Vuonna 1819 rakennettiin tie Pappilan ja kirkon välille.
Tulipalo tuhosi vuonna 1854 pappilan päärakennuksen, navetan, tallin ja rehuladon, jonka jälkeen tilalle rakennettiin uudet pytingit. Rukoushuonekunta sai kappelioikeudet vuonna 1856 ja itsenäinen seurakunta ensimmäisen kirkkoherransa vuonna 1887. Marjoniemen Pappilan nykyinen päärakennus valmistui vuonna 1888 kirkkoherra Johan Fredrik Silvanderin aikana ajalle tyypilliseen sveitsiläistyyliseen henkeen. Rakennusmestarina pappilarakennuksella toimi Samuli Rantanen.
Pappilan pihapiirissä on vuonna 1897 päärakennuksen lisäksi ollut väentupa, vaunuliiteri, talli, kalustovaja, rehulato, navetta ja sen yhteydessä karjakeittiö, lampola, sikala, halkovaja, sauna, pesutupa, kolmen aitan aittarakennus, holvattu harmaakivikellari, kaksikerroksinen jyvämakasiini, olkilato, riihi ja käymälä.
Virkatalona Marjoniemen pappila toimi aina vuoteen 1963 saakka. Väentupa palveli arentaatoreiden asuntona. Heidän tehtäviään olivat tilan maataloustyöt ja pappien kuljetukset.
Piispantarkastuksessa piispa oli kehottanut seurakuntaa myymään pappilan sen hankalan sijainnin ja huonon kunnon vuoksi. Asia käsiteltiin kirkkovaltuuston kokouksessa 1961 ja pappila pantiin myyntiin 1962. Silloinen kirkkoherra Nuutinen asui pappilassa kunnes uusi pappila valmistui 1963.
Tämän jälkeen pappilassa on toiminut mm. konepaja ja leirikeskus, jolloin kiinteistö oli ollut välillä heikommalla ja välillä paremmalla ylläpidolla. Useiden omistajan vaihdosten kautta tilan osti Uuraisten seurakunnalta nykyinen omistaja alkuvuodesta 2016. Mittavien remonttien ja rakentamisten jälkeen Pappilassa on aloittanut yritystoiminnan Marjoniementila Oy.